Jun Sakurada, un băiat de gimnaziu închis în el refuză să mai meargă la școală după ce-a fost traumatizat și umilit din cauza unui incident. Într-o zi, el primește o scrisoare fiind întrebat ”Da sau Nu”, și a ales ”Da”, astfel întâlnind păpușa vie Shinku și evenimentele seriei originale Rozen Maiden fiind dezvăluite. Totuși, ce s-ar fi întâmplat dacă ar fi ales ”Nu”? Chiar dacă el a terminat în a mai fi închis în sine, acest Jun nu-și poate găsi un loc unde să aparțină. Atunci, Shinku apare dintr-o dată în această lume unde ”Rozen Maidens” n-ar fi trebuit să existe; ce ve va întâmpla cu ei în noua lor aventură?!

Într-o lume mitică în care oamenii şi zeii coexistă are loc ceremonia de înscăunare a noii prinţese conducătoare aleasă din clanul Hime. Dar cum aceasta nu există Arata un băiat curajos e travestit în fată pentru a lua parte la ceremonie. În timpul ei are loc un complot al celor 12 Shinsho care vrând să preia puterea ucid prinţesa şi dau vina pe Arata. Acesta se ascunde de urmaritori într-o pădure care-l conduce dintr-o dată în lumea reală. Unde un licean cu acelaşi nume e trădat de prieteni şi supărat se ascunde în aceaşi pădure. Cei doi fac schimb de vieţi iar aventura acestora în lumile paralele e pe cale să înceapă.

„Sunt cu adevărat necesare puzzle-urile în lumea asta?” Pentru a-i restabili memoria lui Jin, Kaito și prietenii lui pleacă într-o călătorie de vizionare a puzzle-urilor în Anglia. În timp ce se plimbă prin labirintul subteran de sub biserică, unde tinerii Kaito și Rook l-au întâlnit pentru prima dată pe Jin, o fată misterioasă apare în fața lor. Jin o cheamă pe fată cu numele „Raetsel”. Se pare că se cunosc. Cu toate acestea, ea dispare brusc și îl ia pe Jin cu ea. Mai mult, capcanele din labirintul subteran sunt activate și încep să vină după Kaito și prietenii săi.