Jun Sakurada, un băiat de gimnaziu închis în el refuză să mai meargă la școală după ce-a fost traumatizat și umilit din cauza unui incident. Într-o zi, el primește o scrisoare fiind întrebat ”Da sau Nu”, și a ales ”Da”, astfel întâlnind păpușa vie Shinku și evenimentele seriei originale Rozen Maiden fiind dezvăluite. Totuși, ce s-ar fi întâmplat dacă ar fi ales ”Nu”? Chiar dacă el a terminat în a mai fi închis în sine, acest Jun nu-și poate găsi un loc unde să aparțină. Atunci, Shinku apare dintr-o dată în această lume unde ”Rozen Maidens” n-ar fi trebuit să existe; ce ve va întâmpla cu ei în noua lor aventură?!