Viața e minunată în orașul în care trăiește Kasuga Arata, dar totul se schimbă în ziua în care apare un Soare Negru pe cer și face cunoștință cu un mag. Soarele Negru a cauzat un fenomen care a distrus orașul lui natal. Din cauza asta, Arata a construit un oraș artificial cu un grimoar pe care i l-a dat prietena lui din copilărie. Ce se va întâmpla mai departe?

Japonia a proiectat un exoschelet armat numit „Infinite Stratos” (IS) și a devenit principala sursă de arme. Din moment ce doar femeile pot opera IS, femeile domină societatea. Orimura Ichika este un băiat de 15 ani care atinge accidental un IS dintr-o școală de formare a piloților. El se dovedește a fi singurul bărbat care poate opera un IS și este obligat să intre în școala de formare. Astfel, Ichika își începe viața din noua școală plină de fete.

Sasha este partener cu Hana ca noua lui Maria. Ei se infiltrează într-o academie de fete, forțând-o pe Sasha să se deghizeze, în căutarea unui artefact legat de Qwaser, numit Magdalena of Thunder, care a apărut la una dintre eleve. Cu toate acestea, au o oarecare concurență în căutarea ei.