Yamato Akitsuki calătoreşte singur la Tokyo pentru a studia în unul din liceele situate în zonă. El locuieşte cu matuşa sa, care administrează o baie publică exclusiv pentru doamne din districtul local şi astfel aşa îşi începe viaţa de liceu. Într-o zi, el întâlneşte la şcoală o fată care îl fascinează frumuseţea ei. El este şocat atunci când îşi dă seama mai târziu că aceea fată Suzuka locuieşte alături de el. De atunci, viaţa obişnuită a lui Yamato începe să se schimbe încetul cu încetul.

Liceanul Yoshiharu Sagara se trezește în mijlocul unei bătălii furioase din perioada Sengoku. El este salvat de legendarul Hideyoshi Toyotomi, dar cu prețul vieții eroului. Cu ultima suflarea, războinicul imploră ca Yoshiharu să devină un lord feudal în locul lui. Acum că cursul istoriei a fost schimbat, Yoshiharu se angajează să împiedice divergerea cronologiei. Cu toate acestea, după ce a salvat-o pe Nobuna Oda – despre care descoperă că este de fapt omologul feminin al legendarei Nobunaga Oda, Yoshiharu își dă seama că a fost transportat într-o realitate alternativă în care cei mai mulți dintre liderii războinici istorici ai Japoniei sunt acum fete drăguțe! Pentru a îndrepta lucrurile și pentru a găsi o cale de întoarcere acasă, Yoshiharu acceptă să devină unul dintre servitorii lui Nobuna și să o ajute într-o cucerire a Japoniei. Pe măsură ce Nobuna își inițiază campania, Yoshiharu descoperă că istoria pe care a învățat-o jucând jocul video „Ambiția lui Nobunaga” îi permite să prezică evenimente viitoare și să schimbe valul războiului. Folosind acest cadou neprețuit pentru a-i ajuta pe frumoșii generali ai clanului Oda, Yoshiharu speră să-l ajute pe noul său domn să-și îndeplinească visul și să câștige inimile femeilor de pretutindeni.

Este anul 2046. Haruyuki Arita este un băiat tânăr care se găseşte în cele mai mici trepte sociale ale şcolii sale. Îi e ruşine de viaţa lui mizerabilă. Haruyuki poate fi diferit doar în jocurile virtuale. Într-o zi Arita o întalneşte pe Kuroyukihime, cea mai frumoasă şi rafinată fată din şcoală. Ea îi schimbă viaţa lui Arita prin introducerea lui la un program misterios de spargere, numit „Brain” şi la o realitate virtuală numită lume Accel.

Pe insula Regalo, un grup de protectori asemănători mafiei cu putere supranaturală, numiți Arcana Famiglia, protejează oamenii de oricine i-ar face rău. Membrii organizației lor, după ce au încheiat contracte cu cărți de tarot, fiecare posedă abilități diferite, cum ar fi putere copleșitoare, invizibilitatea sau puterea de a vedea în inima cuiva. Mondo, liderul lor și „Tatăl” familiei lor, anunță la petrecerea de naștere că se va retrage în curând. El plănuiește să organizeze Arcana Duello, o competiție care, dacă este câștigată, îi va acorda câștigătorului titlul de „Tatăl” și orice dorință pe care o doresc. Dar este mai mult în joc decât un titlu: Mondo decide și că câștigătorul se va căsători cu fiica sa, Felicità. Înfuriată de asta, Felicità decide să intre ea însăși în competiție, pentru a-și croi singură drumul în lume.

Povestea bătăliei este plasată într-un viitor care nu are nici al treilea război mondial, nici o invazie extraterestră – doar un viitor obișnuit stabilit după epoca noastră actuală. În această lume, roboții fac parte din viața de zi cu zi și contribuie în diferite aspecte ale societății. „Shinki” sunt parteneri drăguți de 15 centimetri făcuți pentru a ajuta oamenii. Echipați cu inteligență și emoții, ei se dedică slujirii „Maeștrilor” lor.

Cândva, o rasă cunoscută sub numele de Îngerii Întunecaţi au atacat Pământul pentru a absorbi forța de viață a tuturor celor care locuiau planeta. Datorită unui miracol, Îngerii Întunecaţi au devenit inactivi, iar omenirea a putut trăi încă 12.000 de ani fără să se teamă de prezența lor. Dar la 11 ani după ce o catastrofă numită Sfânta Geneză a adus Pământului în ruină, Îngerii Întunecaţi au fost treziți din somn și au reluat atacurile încă o dată. Pentru a oferi omenirii o oarecare șansă, a fost înființată o organizație cunoscută sub numele de DEAVA și a fost autorizată utilizarea unei arme robotizate numită Aquarion. Pentru ca Aquarionul să fie adus la putere maximă, trei piloți trebuie să-și combine inimile, trupurile și sufletele într-unul singur – o performanță pe care puțini pot spera să o îndeplinească. Astfel, s-a prioritizat căutarea așa-numiților „Utilizatori de Element”, în speranța de a asigura viitorul umanității. Sousei no Aquarion urmărește povestea lui Apollo, un tânăr aproape sălbatic crescut în sărăcie, despre care se crede că este un erou legendar reîncarnat. După ce cel mai bun prieten al său este luat de către Îngerii Întunecaţi, Apollo alege să devină pilot Aquarion. Va fi capabil să schimbe cursul războiului și să elibereze omenirea de amenințarea Îngerilor Întunecaţi o dată pentru totdeauna?