Puzzle-urile devin din ce în ce mai grele și chiar mai mortale pe măsură ce Kaito Daimon își continuă lupta împotriva POG. Și cu un membru al echipei deja schimbând partea, va avea Kaito ceea ce este necesar pentru a continua să rezolve capcanele de puzzle mortale puse în fața lui și să ajungă la legendarul Puzzle al lui Dumnezeu? Mai important, va fi capabil să rezolve puzzle-urile și să-și mențină sănătatea mintală?

Acţiunea se învârte în jurul Bătăliei Puterilor Supranaturale, un turneu care decide cine va fi următorul Rege al Lumii Cereşti. Fiecare candidat trebuie să-şi selecteze un student care va participa ca şi luptătorul acestuia. Fiecărui student îi este atribuită o putere specială – puterea de a transforma un lucru în altul. Candidatul care va câştiga va deveni Regele Lumii Cereşti, iar studentul acestuia va primi Talentul Pustiului, un talent care poate deveni orice.

Pupa urmăreşte povestea a doi adolescenţi, Utsutsu şi sora lui mai mică, Yume, care au fost părăsiţi de părinţi. Într-o zi, Yume vede un fluture roşu misterios iar corpul ei se transformă într-o creatură ciudată care mănâncă oameni. Utsutsu caută o metodă prin care să-şi readucă sora la normal.