Pământul a fost colonizat de o civilizație extraterestră superioară, iar singura șansă la un viitor mai bun a lui Akira este să devină un nesemnificativ soldat Yakitori.

Pe jumate povestea din anime, pe jumate o poveste nouă. Noi conspiraţii iau naştere în guvernul Frontier. Sheryl Nome e suspectată că ar fi spion pentru flota Galaxy, iar Alto şi Ranka, prieteni din copilărie, încearcă să-şi îndeplinească visul în timp ce bătălia dintre Frontier şi Vajra se apropie. Venind cu noi cântece, acest film este prima parte din povestea flotei Frontier şi se va concluziona în cel de-al doilea film, Aripile Despărţirii (unde Alto va alege între Ranka şi Sheryl).

Continuând filmul anterior, cariera lui Ranka înflorește în timp ce sănătatea lui Sheryl se deteriorează după ce leșină în timpul unui concert live. În același timp, un grup de persoane folosește abilitatea fetelor de cânta în războiul cu Vajra. În timp ce întreagă flotă Macross Frontier începe să poarte războiul cu Vajra, Alto face în sfârșit o alegere între Ranka și Sheryl.

În urma unui război catastrofal împotriva unei rase de giganți cunoscută sub numele de Zentradi, omenirea a evadat spre centrul galaxiei la bordul unei flote de nave coloniale numită Macross Frontier. Pe măsură ce amenințarea extraterestră este lăsată din ce în ce mai mult în urmă, viața pe Macross Frontier continuă ca de obicei. În anul 2059, un tânăr stagiar de pilot mecha pe nume Alto Saotome și colegii săi se pregătesc să interpreteze o rutină de însoțire pentru celebra cântăreața Sheryl Nome, care a venit la Macross Frontier pentru un concert. În timpul spectacolului, o specie extraterestră biomecanică cunoscută sub numele de Vajra își face apariția bruscă, străpungând perimetrul defensiv care înconjoară vasul și aterizează în apropierea locului de concert, cufundând întreg orașul în haos. În urma acestor evenimente, programul Strategic Militar notează priceperea lui Alto în luptă, ducând la recrutarea lui pentru a combate noua amenințare extraterestră.

Acțiunea animeului se petrece într-un viitor îndepărtat. Majoritatea oamenilor rămași pe planetă au fost nevoiți să ascundă în spațiul cosmic, într-un fel de satelit adaptat vieții umane, toate acestea din cauza faptului că Pământul a fost infectat cu niște monștrii diabolici numiți Blue. De pe acestă stație pe care au numit-o Second Earth, ei încearcă să recupereze planete din ghearele monștrilor care folosesc oamenii drept hrană. Singura lor șansă de a-i putea învinge se afla în niște oameni care au o parte din virusul Blue în sânge, astfel având reflexele, instinctele și puterea crescută. Din cauza faptului în trecut nu se cunoștea cauza acestui virus, acești oameni au fost adormiți, iar acum oamenii de pe Second Earth au trimis echipe de soldați ca să-i recupereze. Din una din aceste echipe face parte și o fată pe nume Marlene, a cărei echipa face greșeala, în cadrul unui atac de Blue, să trezească un monstru. Numele său e Yuji, dar nu era deloc ucigașul înascut la care se așteptau ceilalți. Cu timpul Yuji învață să ucidă monștrii și află că îi face plăcere.