Povestea se învârte în jurul lui Haruka Nanase, un băiat care mereu a iubit să fie înconjurat de apă, și ca să înoate în ea. Înainte de-a absolvi școala primară, el a participat într-un turneu de înot împreună cu membrii săi de club, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki și Rin Matsuoka. După ce-a primit victoria, fiecare băiat a mers pe drumul său. Timpul a trecut, iar în mijlocul anilor săi de liceu, Rin apare și-l provoacă pe Haruka la un meci, arătându-i lui Haruka puterea sa copleșitoare. Nevrând ca să se termine așa, Haruka, îi adună din nou pe Makoto și Nagisa și mai adaugă un nou membru numit Rei Ryugazaki pentru a crea Clubul de Înot la Liceului Iwatobi pentru a-l învinge pe Rin.

Amplasată într-o lume ușor futuristă, în care Pământul a fost invadat și se află în război cu străinii din dimensiunea Nova, povestea urmărește aventurile unui băiat japonez pe nume Kazuya Aoi, care se înscrie la o școală specială pentru fete modificate genetic numite Pandore, și care luptă împotriva extratereștrilor, și partenerii lor de sex masculin Limitatorii, care folosesc o putere specială de congelare cu care imobilizează adversarii. Protagonistul face cunoștință cu o fată pe nume Satellizer L. Bridget, care pare a fi cea mai puternică Pandoră din clasa ei, dar care nu și-a ales încă un partener drept Limitator, în ciuda avertismentelor prietenilor săi, Aoi decide să-i fie Limitator.

Încă de la a 10-a ciocnire NOVA, Chevalier a ajuns la concluzia că NOVA au apărut într-un ritm mai constant și pierd mai multe Pandora decât pot produce. Soluția lor este Proiectul E-Pandora, care presupune ca oamenilor normali să li se acorde puterea de a deveni Pandora. Invitând Pandora din întreaga lume la baza lor din Alaska, martori la dezvăluirea noului lor proiect, Satellizer, Kazuya și Rana sunt printre cei care au fost convocați. Cu toate acestea, odată cu trecerea timpului, Proiectul E-Pandora începe să devină mai ciudat și Pandora încep să devină din ce în ce mai îngrijorate…

„Pentru a obţine un lucru, trebuie să pierzi ceva la fel de valoros”. Fraţii Elric ştiu mai bine ca oricine care este sensul acestor cuvinte. Cei doi caută neîncetat Piatra Filozofală, singura care poate anula efectul Legii Schimbului Echivalent. Numai că, la baza Pietrei Filozofale stă o conspiraţie care îi implică pe cei doi fraţi şi chiar întreaga armată. În tot acest haos care îi face să nu mai ştie în cine se pot încrede, cei doi fraţi trebuie să îşi depăşească temerile şi să reuşească să obţină singurul element care îi poate face oameni din nou… sau fix opusul.