Cândva, o rasă cunoscută sub numele de Îngerii Întunecaţi au atacat Pământul pentru a absorbi forța de viață a tuturor celor care locuiau planeta. Datorită unui miracol, Îngerii Întunecaţi au devenit inactivi, iar omenirea a putut trăi încă 12.000 de ani fără să se teamă de prezența lor. Dar la 11 ani după ce o catastrofă numită Sfânta Geneză a adus Pământului în ruină, Îngerii Întunecaţi au fost treziți din somn și au reluat atacurile încă o dată. Pentru a oferi omenirii o oarecare șansă, a fost înființată o organizație cunoscută sub numele de DEAVA și a fost autorizată utilizarea unei arme robotizate numită Aquarion. Pentru ca Aquarionul să fie adus la putere maximă, trei piloți trebuie să-și combine inimile, trupurile și sufletele într-unul singur - o performanță pe care puțini pot spera să o îndeplinească. Astfel, s-a prioritizat căutarea așa-numiților „Utilizatori de Element”, în speranța de a asigura viitorul umanității. Sousei no Aquarion urmărește povestea lui Apollo, un tânăr aproape sălbatic crescut în sărăcie, despre care se crede că este un erou legendar reîncarnat. După ce cel mai bun prieten al său este luat de către Îngerii Întunecaţi, Apollo alege să devină pilot Aquarion. Va fi capabil să schimbe cursul războiului și să elibereze omenirea de amenințarea Îngerilor Întunecaţi o dată pentru totdeauna?