În urma unui război catastrofal împotriva unei rase de giganți cunoscută sub numele de Zentradi, omenirea a evadat spre centrul galaxiei la bordul unei flote de nave coloniale numită Macross Frontier. Pe măsură ce amenințarea extraterestră este lăsată din ce în ce mai mult în urmă, viața pe Macross Frontier continuă ca de obicei. În anul 2059, un tânăr stagiar de pilot mecha pe nume Alto Saotome și colegii săi se pregătesc să interpreteze o rutină de însoțire pentru celebra cântăreața Sheryl Nome, care a venit la Macross Frontier pentru un concert. În timpul spectacolului, o specie extraterestră biomecanică cunoscută sub numele de Vajra își face apariția bruscă, străpungând perimetrul defensiv care înconjoară vasul și aterizează în apropierea locului de concert, cufundând întreg orașul în haos. În urma acestor evenimente, programul Strategic Militar notează priceperea lui Alto în luptă, ducând la recrutarea lui pentru a combate noua amenințare extraterestră.