Lucy este o rasă specială de om, denumită „Diclonius”, născută cu o pereche scurtă de coarne și mâini telekinetice invizibile care o fac victimă a experimentelor științifice inumane ale guvernului. Cu toate acestea, odată ce circumstanțele îi oferă o oportunitate de a scăpa, Lucy, sătulă de închisoare și tortură, dezlănțuie o vărsare de sânge în timp ce scapă de răpitorii ei. În timpul evadării ei, ea primește o rana a capului, care o lasă cu o personalitate divizată: cineva cu mentalitatea unui copil inofensiv care posedă capacitate limitată de vorbire. În această stare de instabilitate, ea dă peste doi studenți, Kouta și verișoara lui Yuka, care, fără să știe, iau în grija lor un fugar rănit, neștiind tendințele ei criminale. Acest act de bunătate le va schimba viața, deoarece în curând se trezesc târâți în lumea întunecată a conspirației.