120.000 de ani au trecut în această lume şi povestea lui Apollon şi poveste lui Silvia a devenit o poveste pentru copii pe care o numesc Cerurile Aquarion-lui(Skies of Aquaria). Abductorii vin de pe planeta Altair pe Pământ(Vega) pentru a invada şi pentru a răpii oameni. Deava Academia Aquaria există pentru a antrena femei şi bărbaţi pentru a folosii Aquaria, dar nu se pot unii niciodata din cauza unor pietre numite "Guize Stones", ele blochează o unire pură între femeie şi bărbat. Poveste îi urmaăreşte pe Amata Sora şi Mikono Suzushiro, intrând în Deave şi luptându-se cu Abductorii.